Заключили договор с физ. лицом на оплату услуг, а клиент оплатил по р/с как юридическое лицо да ещё и с НДС, как быть в данном случае

По правильному, необходимо вернуть деньги назад как ошибочный платёж, и получить деньги от физ. лица. Если контрагент, который вам оплатил настаивает на оплате со своего расчётного счёта, но согласен не уменьшать свой НДС за счёт вашей прибыли, то тогда он должен написать письмо на имя вашей организации, о том, что просит в платежном поручении считать назначение платежа следующим, например, «за информационные услуги за ФИО физ. лица» без НДС.

Это письмо вы храните в течение трёх лет, в том случае если налоговая у вас запросит информацию о том, почему вам поступила оплата с НДС, а вы не оплатили его, вы могли предоставить данное письмо как аргумент, что НДС был указан ошибочно.

Закрывающие документы готовите физ. лицу с кем у вас и заключён договор, а взаимоотношения между физ. лицом и оплатившим юр. лицом они должны решить между собой